Added reading position form stdin, Added cache

1 files changed, 1000 insertions, 0 deletions

diff --git a/data/Test_L1_R1 b/data/Test_L1_R1
new file mode 100644
index 0000000..125e3d8
--- /dev/null
+++ b/data/Test_L1_R1
@@ -0,0 +1,1000 @@
+32164625 11
+6146 18
+243335424257 12
+5512243243536 13
+22144426444 15
+265756512 -12
+65444437612 13
+17516442226766 8
+7343363417254 14
+74746315233 15
+5654767662 13
+74642572132 15
+51756773145177 -10
+165746146225 -11
+1562527227511 13
+43745416472735 -13
+42434653771434 9
+1626434452343 13
+6513243566177 12
+43623536647361 11
+35544262 12
+33375546411 -12
+427631264721 10
+51615567 15
+543772563551 14
+27534134362633 10
+7234472553 10
+6126741462153 14
+4737 18
+7675456251 13
+737534232264 -10
+2615522 17
+37416146447 -9
+14254 18
+24657443354 -9
+421125247317 13
+441672735 11
+5416317226643 11
+25545 18
+716763353724 13
+1242536267 -11
+7311452532672 11
+51322427 14
+5276313436535 -12
+47413665722 -11
+13167624557 12
+65225331 11
+334275644 16
+54622223337635 -12
+7231776132635 -11
+661613472611 -11
+464652443565 -11
+7336254227213 -9
+1475174 17
+614213513 -12
+657251234112 10
+72247 18
+43214726 13
+313341 17
+3637124766 10
+45713322723 15
+4161457576 12
+4752514115 14
+6571456427113 11
+1425525276343 14
+22347273731 13
+25144 18
+32153635422 -9
+4337377231257 -13
+513432277262 14
+76234731336425 11
+523463127 16
+76325166734314 -11
+72244 18
+25362556661 14
+376645334561 12
+34256765517435 12
+6545423651 12
+223331654 16
+3574515645 15
+4331773512476 -12
+72122463145 10
+74242117222573 -11
+7313245 13
+76727734653333 9
+2231333175746 11
+22523567532 10
+557455364765 13
+12447313567113 -13
+475262114 -11
+1425241 17
+624261 17
+3334574745 12
+545355462 -12
+7344247763144 11
+735537451656 -13
+6524141431 -13
+13116246361136 10
+6116442561763 14
+624741213 -12
+256613535637 9
+45657176263 13
+442317624273 -13
+245541133241 13
+33125264535526 -11
+144476764 11
+256646373 -10
+614124 17
+753626366367 11
+24527634652517 -12
+7714443114735 9
+6114613746 12
+127371462333 10
+372364422621 9
+375335 17
+41166362123631 9
+45675711324 -11
+21114613653733 13
+135441725732 12
+635673616 11
+373243162662 9
+54662765362 15
+333343 17
+26551534743 13
+31323347 13
+4176221235771 10
+76532215761655 -9
+3115364713 13
+575556156432 14
+5544 18
+72744157723432 -11
+12462416526673 -12
+3415552437652 13
+762642 17
+1664737326 -11
+32161451752 11
+473125476434 14
+23644721411517 12
+27164442432572 -12
+72267122544677 -13
+54516132144461 11
+362236 17
+6165621512444 10
+712221454212 12
+3561251232114 12
+3224445327 15
+73235641141 15
+13475463423 15
+22656563463 15
+7615433736662 14
+521244 17
+2176656775 12
+547561422235 13
+746774466413 -13
+63657527753723 -12
+3643 18
+542374177555 -9
+32421655351546 -12
+346247312 -12
+35345615747415 -8
+7227565724662 -10
+16521753615552 8
+113464152 12
+7234616356741 12
+55162243154111 12
+47465542556114 11
+3272634345157 13
+46454432 13
+3175372764 10
+71424112261552 12
+4151264723 12
+2616527553214 14
+457672175556 9
+137324747 12
+1416213444411 12
+11376375724251 12
+664724 17
+1772143144624 13
+326323127 11
+625435133 16
+7172513311461 9
+3512734615664 13
+6141 18
+77673623653252 13
+274547166 -12
+16777772566554 13
+427132473723 11
+1177544326645 -13
+4255 18
+766124556711 10
+26641 18
+37551513 16
+7532172141363 -11
+32156676773417 -11
+54243616127 15
+7162112332 15
+4155 18
+4252362234 11
+3435664531267 -11
+75275774455736 13
+1155422444 15
+3357 18
+5446244416 12
+74322554243647 13
+7214747762562 12
+433267713625 14
+253473155 12
+564347 13
+6624277635652 12
+14754 18
+24764621537462 13
+63236747534616 -11
+76433127114 -10
+154756 12
+57716636322465 13
+44572163553 13
+14431611533234 12
+246335317214 12
+1312453741665 -11
+6644656355542 14
+151611266 16
+614175723132 -11
+55614652233 -12
+2272575333 12
+774436 17
+7413637 12
+65612256572237 10
+4551167743 12
+33457262436 11
+33113476451452 12
+43144734462127 12
+4771475271 14
+74273443255735 12
+25565244276167 13
+76472267711541 11
+267354377265 9
+2663764513751 13
+34412341157253 11
+36262415 -11
+75725143621614 11
+5772323657 10
+7322444321 -15
+75676452332663 12
+21742365545237 13
+234351144 15
+4115434436 13
+356235724 12
+4243132727 11
+363652576761 12
+45464137512 -14
+72412417462734 10
+163413547627 -12
+6635123444 15
+263157275 -12
+72274356774447 12
+514715175644 12
+613137626 -12
+3463121476676 9
+421721714475 11
+476227352241 14
+25474623 13
+54653556172 15
+44763515774152 9
+734231 12
+1673525463 12
+36477245374472 13
+11426443471631 13
+23243135 13
+64317175324747 13
+763735764253 12
+72245465 -12
+64722457675 13
+731374167774 -14
+43623254276633 10
+5247757141475 -12
+5723245227 15
+725231744132 -11
+62535726 11
+147121634745 11
+54564572675252 12
+3115342413115 12
+113614415162 11
+34336261113357 13
+3624277352155 10
+26133344633 13
+143233755615 14
+5261 18
+675714232415 -12
+6454336623 -12
+65513336476641 13
+64177664567314 -13
+6454214344 10
+427243512 -11
+341415317 11
+4651627154627 11
+77335576353573 -10
+46425611574 -12
+2654241342634 -10
+5417154424744 11
+714735322332 14
+613542762746 14
+2477646245615 -13
+65316652123557 10
+14417133756337 13
+722763547244 12
+11517653734222 10
+37516612116754 10
+2672237413 -15
+326731467 -11
+43677113276742 9
+262225112 16
+7673624775 15
+372633 17
+47126551632312 10
+5224647753 -10
+645426746366 -14
+62255641114756 13
+712724534761 11
+72355133126166 11
+4727464 -16
+423122553 -14
+6463666773374 14
+74437 18
+64422 18
+2643763741 12
+574666315 -15
+6255126555342 10
+242365117443 13
+26647763123156 11
+5672724563166 12
+11645253 12
+2116546252 10
+234565433623 13
+77535237273414 11
+2553635322312 -8
+3377247415 -12
+621677243731 10
+44273116655342 9
+4731 18
+172614275636 -12
+47764457314 -12
+31164576774275 10
+77336214535636 12
+335331 17
+754135242 11
+75465753 12
+25134127516677 12
+16244 18
+4531361523323 12
+332371221513 -11
+5356646317 13
+5266 18
+3751262 -12
+3472546632731 10
+422361353113 13
+347342243421 14
+52126766555625 12
+5747 18
+4372325156663 -12
+4626 18
+53356536711 12
+344126517354 13
+4633 18
+7156553733 14
+146575271 13
+27665436154 13
+41214544563657 13
+72266415465547 12
+33142135454161 -9
+742424353153 -14
+4772534631522 -12
+222261643424 -13
+34471146735533 12
+3117336113 12
+31647721372577 10
+27273233516 -14
+15172122517 12
+2237 18
+2111134674537 14
+7771424117 10
+67667252561667 13
+46555672753 15
+273223 17
+4722 18
+6746155565233 10
+26635216454163 11
+446316175327 -11
+26572643132214 -11
+3572164735221 12
+47356251275324 13
+541163751 12
+53411442577133 9
+12656747233 -9
+46534227164 -14
+537354746426 -13
+1331425152 11
+263276 17
+66232514357 12
+12264244 11
+4236455612277 11
+57637214131741 10
+57562635642622 10
+31661212464 -12
+667143131425 -11
+4216153555174 -11
+6575676251227 -12
+1347624372265 9
+463767254 -12
+212435 12
+6673462773646 10
+6372322 17
+35144445227552 -9
+4621664552 11
+362363 17
+336514222 16
+51112571 16
+3627 18
+12465256156552 -8
+3163362652246 14
+16331475247 15
+25634614411267 10
+71552775112713 12
+655725555332 13
+45344777356264 12
+25233766 11
+374246242356 14
+44227721 16
+153322575 11
+5265142714517 10
+66546614371 15
+1124143135135 12
+3436517155 11
+3477122736 12
+632654776451 12
+5561245311575 -10
+31235756126 -11
+7174364473634 -13
+4517417714516 -8
+62765532342624 -12
+227736 17
+6626215557425 -9
+13372526 12
+76424123542 -13
+22765557543 15
+556215 17
+51353616 12
+31554342273 -13
+5742226255757 -13
+6574547333 -12
+1621474425114 -13
+51524543 15
+74445566262 13
+7532242136211 -12
+4266 18
+32544521 13
+43334444222372 12
+214552753546 14
+471746755 -12
+27452375615543 12
+4343356367 13
+731521534 13
+15474326 12
+1143236527474 -11
+6651 18
+3157 18
+7143525 -12
+27674542357 -11
+67125143564273 11
+57277146633232 13
+77133513274142 10
+652526411316 13
+566221227257 9
+2321337253 14
+426147 12
+5162523664531 -12
+1772241 17
+77434635 13
+43121642175 -9
+116612614341 10
+55713565244644 -9
+45342133256451 -12
+5625625156362 -9
+362662 17
+77474477 13
+54227415627542 -9
+132364267316 -11
+2462434577 12
+661715272343 10
+6551475664 14
+26634754676256 12
+3261333267 14
+3154435743 12
+1234224532255 -9
+6543465521331 13
+32746327644337 10
+2433227223 -11
+16134527371 -12
+4757 18
+5531745642714 -9
+5271271753 11
+44753722416 15
+567267376173 12
+42372656412 -13
+214661761142 13
+341566622555 12
+3426456142 13
+1561124675155 11
+451716411277 9
+55556215 16
+251343651 16
+4372572627445 -13
+746634153 13
+57434546312471 11
+622342627 -10
+43416727356 -12
+472674 17
+224427 17
+3447526734 15
+77343421322 -11
+447356277413 -12
+3231537724 15
+57244122 13
+2134573746 15
+14563422277 15
+534712577143 11
+71776343633 -14
+6645335711143 -12
+5736524566 15
+4332626222 14
+153336355752 -14
+4317211637364 -10
+42432175 16
+66746612231276 -10
+7476532341622 -12
+52537755354 -14
+234541 13
+76252256152162 10
+631473765 13
+74644475155152 -13
+757326626125 -13
+6645357675 -14
+133272714731 9
+53551421632534 13
+7417423666 10
+54454224311 -13
+4125341564661 13
+347654366145 9
+176146 17
+64455157 13
+15573256676145 13
+655631444152 12
+4434 18
+553531 17
+76445321377 12
+267734413755 11
+7134774225575 -11
+1353322321 13
+5747415 -12
+414731 17
+37361243217571 9
+52247742264 -9
+5672241227 12
+35545132 13
+152764113637 9
+2736 18
+5131 18
+67743217454126 12
+2243631565 -13
+5632316614 15
+654424711477 -10
+2742 18
+26533771111321 13
+56662226723 -9
+47175323542122 12
+6466275151 13
+333446257552 13
+325257 12
+621454551432 -13
+34232351726 11
+2512564363527 13
+4756324221 11
+5122554611576 -13
+232575377 13
+57516743624 -12
+57211255634745 10
+412472 17
+7715142517313 11
+755411613126 -11
+2171577253 10
+2436627465171 11
+3155567523331 13
+42246767234173 10
+124643137655 10
+5214646432 -15
+57756425547 13
+762562464551 10
+34777512346 12
+7333616562274 -13
+277517225211 9
+3313245 14
+364766114 -12
+5665565125654 -10
+336422732466 -13
+2123222623661 13
+572657366 -12
+4734 18
+362322 17
+21543434133325 -13
+36272522453 -12
+57474452 15
+2511266 17
+11745742763154 13
+3757 18
+437637465634 -11
+2276675463 10
+1337145257 11
+3355 18
+357775342714 -13
+436141354 -12
+16566165516 -10
+431146161732 11
+74424 18
+424264 17
+54141555573 14
+34456426714436 13
+54615341 11
+231357646 11
+56753344631 14
+4525631273 -11
+22257151465531 9
+4274631226266 10
+3464524723342 14
+47713114137731 13
+25411234316 14
+656422433532 13
+24225624732727 -11
+7536242236147 12
+11632474451 13
+231512744273 -13
+26327161427 -11
+5157531546 12
+3736514 -12
+32163126 11
+521635127245 -13
+71353555424651 11
+1356262343 -12
+712342354522 13
+6413661373 -12
+56576416 14
+416332464 -14
+2733 18
+41272571364 -10
+7767633666645 14
+7556555542416 -12
+477731 17
+7121141547463 -10
+34231416237 14
+1625472341736 -11
+21541553311247 12
+16566221514255 10
+33362325763 13
+641461257525 -11
+255337662633 12
+1325654 13
+665565 17
+1411277417733 11
+4134 18
+13625622524 -11
+264762 17
+2263543751 12
+36376254 12
+32762452764143 9
+2275326225673 11
+52747236122311 -12
+2152117764613 11
+3747212617771 -12
+547463267 13
+31253245574116 13
+71326637 11
+35524513617477 -12
+6235333111 12
+574332441774 14
+3237452563143 13
+64572753 11
+4113471221775 -12
+47417661 12
+326475334145 11
+525377 12
+356233575577 11
+2735725121527 13
+374373 17
+3474136575673 13
+53722231 15
+6543311625 12
+23363437544 -11
+24615312553432 13
+65623372664 12
+43654255 16
+533253253152 12
+1462465355346 9
+27674224 16
+2455146 12
+2476553366716 12
+76777547444724 13
+77463637 16
+6452247612553 13
+6653245777 10
+42123365632536 -13
+32224647262217 12
+215364363525 12
+4433 18
+27246531 12
+74513716476324 -10
+76212673773 14
+7242233176 10
+13261755733621 -9
+5737 18
+7257434174252 -12
+2215435461366 11
+5562 18
+61243536 12
+362272 17
+664365147 16
+364735761 -10
+64732327731652 -12
+635756624637 12
+67211452135745 9
+51134133635 -11
+5236441122751 14
+1122122427371 10
+2413514662 12
+435654667573 -14
+742641741512 -9
+727477161623 -14
+33413745333127 8
+24534141354 -11
+465416526173 11
+113414216 16
+6623664414236 14
+17457357354171 13
+233315146151 14
+337272613167 11
+77443144 16
+5465242 12
+631565777 11
+26277547 11
+67367754551 14
+156132615114 11
+2361671166624 12
+2161444224242 -13
+131525653457 14
+417553113521 13
+6245554557371 9
+127477637223 -14
+62551445243 15
+357316422475 -11
+4174522731543 -11
+16446744515347 12
+4727 18
+67345552141 15
+725554331 15
+756315421526 -14
+354414424 13
+4455 18
+5256164447 13
+5246175563174 -9
+4542616123225 -12
+66764135331546 -13
+4137 18
+6742255316 12
+1177773351 15
+7123653473537 -13
+6261575 -12
+7671256572614 -11
+32446337651 15
+336422231 15
+2374514715 10
+3415153323324 14
+77473263764115 11
+654271373141 10
+477751 17
+243255616412 -13
+34236531255732 10
+45265756 11
+453116256141 11
+755162533347 14
+62144541376217 12
+375416463271 11
+1241134156134 -12
+37666715542163 9
+5234327421153 -13
+247426363 11
+73114411731465 -8
+757526431 11
+244133355142 14
+326127325 -15
+75564222555325 10
+655145246566 -11
+3151 18
+3522566233353 13
+653333756317 11
+4157 18
+3453232232167 12
+373357 17
+263451655367 14
+144144461 16
+25512364 12
+633457477365 12
+425653 13
+5246453465122 14
+6522325464536 -13
+726323227 16
+22566535545 13
+6775151311677 11
+6636245447123 10
+41437532 16
+54676617546433 -13
+23564374115674 -12
+34654747 12
+24732455556 15
+775527643 15
+6742253636 12
+223632712465 11
+4577227733717 14
+135556261437 12
+3512336314343 12
+52535561465437 11
+26134314622 14
+74633145672 -12
+466662572321 12
+7241171347 14
+4573217134541 12
+3226623443241 12
+115737 17
+61765435756 10
+5344561374244 12
+73732143441177 -13
+6425133637 12
+647467131 11
+61635636463167 12
+23577341162416 -11
+2421663275266 10
+443674 17
+43776542766663 12
+443533747542 -9
+312627371 -11
+531432254 -13
+3532724571777 11
+47764211357713 11
+171467553 11
+3727 18
+444255 17
+31751635244212 8
+24415366445632 12
+442261 17
+314241 12
+76542744674 14
+621151271121 14
+1525637546 -15
+2347526522562 14
+5561 18
+4763264275456 -12
+421255 17
+6537442374536 10
+772556351154 13
+7566151452 -15
+633573775765 12
+331423221127 -11
+5217574243766 -12
+1572142465324 14
+2741772553 12
+352236556267 14
+1456356423 -13
+535642123175 9
+775751775665 12
+4223774671 11
+544722374636 12
+254531145 12
+45677553421671 13
+32551373567 13
+53325236433355 12
+65665722464 -14
+33446362166 13
+74234273614 15
+11677136 16
+146121641 11
+666437755157 12
+57734117127644 13
+1656615147226 -8
+46633231 11
+716326452416 -13
+24254 18
+75262212725116 -8
+445112 17
+4254 18
+674172474 -11
+443741 17
+1264272227551 10
+56134544742566 -13
+222376657265 -14
+53114372422 -13
+54772246547344 13
+225364625643 11
+1154721171333 14
+76637227273 15
+6162523673561 -9
+5566215653342 -9
+4324545214 -13
+36263267 16
+6427765276143 14
+55242621153 -12
+2514225 17
+22432173564115 13
+57233522367465 11
+6763715173571 10
+3631344 -11
+43473153411 -9
+41255721623552 13
+1175151752522 10
+723622246562 12
+745327174144 10
+271311233741 9
+2527323735655 -12
+55627437126571 -8
+6773162425 11
+7723442251163 12
+63142544442172 13
+34571247412274 12
+33555312262 12
+455322253623 13
+146716344766 -10
+5566 18
+33732622353532 -9
+752435247 11
+47562342 12
+7424275365 -12
+52557165112454 -13
+5745 18
+455364534125 12
+25275266474 -11
+45327553531355 -12
+31152761374542 11
+71313446156553 11
+4112463736157 -13
+23725451312245 11
+216542674413 14
+2735746132513 -11
+414673453 -12
+25451625524377 13
+72355436 16
+6123473741 10
+22271745636772 13
+22153632617 -10
+2772162541472 -10
+15657272771432 -11
+524673176251 11
+41711573464 -11
+345746371526 11
+11725633746 11
+41227711 16
+54133145613322 12
+6227357242231 12
+213546362 -11
+4265573472645 12
+43275226434 -11
+43613216614 -11
+47647724 16
+72154377657 12
+313741 17
+1143157232264 -13
+1172226614712 14
+43773121 11
+6235743126 15
+1263742667265 14
+1357342426 11
+414711244357 11
+246174713 12
+36247217344375 9
+5416635331675 -13
+5611323442 12
+61247371144 12
+47523523552 -13
+52443352227 -9
+562272544415 10
+253733227554 -9
+37376665263 -10
+155365314752 14
+36625416525 -14
+674716531 11
+4347525564 15
+16423537 12
+544356 13
+3642714523574 -10
+5143374737721 -12
+4153417 -11
+12317646551 15
+477253445676 14
+6625244723134 -13
+3675314474166 10
+6165173152 10